Співробітництво профспілок області та відділення НСПП здійснюється на підставі Угоди про співпрацю між Миколаївською обласною радою профспілок та відділенням Національної служби посередництва і примирення в Миколаївській області, укладеної на 2011-2015 роки., а також Угоди про співпрацю між Федерацією профспілок України та Національною службою посередництва і примирення. Крім того, поглиблення співпраці на галузевому рівні забезпечують додаткові угоди про співпрацю, укладені між відділенням НСПП та обласними галузевими профспілковими організаціями: суднобудування, ЖКГ, соціальної сфери, охорони здоров’я, державних установ та АПК.